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导致食品中毒的微生物主要为细菌及霉菌。常见导致食品中毒的细菌包括:禽类的沙门氏菌(Salmonella)、水产品的肠炎弧菌(Vibrio Parahaemolyticus)、淀粉类食品的仙人掌杆菌(Bacillus cereus)、餐盒食品的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、肉类制品的肉毒杆菌(Clostridium botulinum)、来自粪便污染的病源性大肠杆菌(Pathogenic Escherichia coli)。霉菌中,麹菌属(Aspergilluse)的黄麹菌(A.flavus)分泌之黄曲毒素(aflatoxin)、楮麹菌(A.ochraceas)分泌之楮麹菌素(ochratoxin)、以及青霉菌(Penicillun expansum)分泌之开放青霉素(Patulin)皆属霉菌毒素(mycotoxin)。

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