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導致食品中毒的微生物主要為細菌及黴菌。常見導致食品中毒的細菌包括:禽類的沙門氏菌(Salmonella)、水產品的腸炎弧菌(Vibrio Parahaemolyticus)、澱粉類食品的仙人掌桿菌(Bacillus cereus)、餐盒食品的金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、肉類製品的肉毒桿菌(Clostridium botulinum)、來自糞便污染的病源性大腸桿菌(Pathogenic Escherichia coli)。黴菌中,麴菌屬(Aspergilluse)的黃麴菌(A.flavus)分泌之黃麴毒素(aflatoxin)、楮麴菌(A.ochraceas)分泌之楮麴菌素(ochratoxin)、以及青黴菌(Penicillun expansum)分泌之開放青黴素(Patulin)皆屬黴菌毒素(mycotoxin)。

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